Minnesotamodellen har fått en del kritik bland annat för bristande vetenskaplig grund och de religiösa inslagen. Effekten, enligt vissa studier, är inte bättre än den man får av exempelvis kognitiv beteendeterapi. För arbetsgivare är det även kostsamt att skicka personal till behandlingshem under längre tid.

– I en SBU-rapport från 2001 konstaterade man att behandling i slutenvård, på behandlingshem, inte har någon bevisad effekt. Själva internatformen tillför ingenting utan det beror på vad man levererar, sa Johan Franck, överläkare och docent vid Karolinska Institutet.

Eftersom Minnesotamodellen anser att parienten är maktlös inför sitt beroende bör denne kapitulera och lita till en högre makt. Patienten uppmanas att efter den primära behandlingen fortsätta gå på AA-möten. Detta tolkar kritiker som att 12-stegsmetoden inte uppmanar patienten till att bli självständig människa. Istället menar kritiker att målet med 12-stegsmetoden är inte en självständig människa, målet med AA är inte att den ska utvecklas utan att patienten blir kvar i AA för all framtid. Patienten ska aldrig heller glömma att denne är missbrukare, att denne aldrig ska sluta att gå på möten. AA sägs vara det enda sättet att ta sig ur missbruk, slutar patienten att gå på möten kommer den förr eller senare ta sig ett återfall.

Vissa påstår Minnesotamodellen har sektliknande egenskaper på grund av dess starka grupptänk. Vidare anser en del att kritik inte tas emot väl av rörelsen.